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核酸降解与核苷酸分解代谢

核酸降解依次经历聚合物水解、核苷酸去磷酸化以及核苷或碱基的回收与继续分解。内切与外切核酸酶产生寡核苷酸和核苷酸,磷酸酶或核苷酸酶释放核苷;碱基和戊糖随后可以进入回收合成,也可以继续分解。分解与回收共享同一个核苷酸池,方向取决于组织、底物供应和细胞对特定核苷酸的需求。1

嘌呤环含氮而稳定,人体把腺嘌呤和鸟嘌呤支路汇入尿酸后排出;多数其他哺乳动物和许多微生物则保留尿酸之后的反应。嘧啶环的命运不同:尿嘧啶和胸腺嘧啶先被还原,再水解开环,最后分别形成 \(\beta\)-丙氨酸和 \(\beta\)-氨基异丁酸。两条路线的末端产物和酶系应按具体物种判断。

核酸的逐级解聚与单体去向

细胞外食物核酸、凋亡细胞释放的核酸和细胞内正常周转的核酸所处区室不同,但都要经历磷酸二酯键的逐级水解。核酸内切酶在链内切开,外切酶从既有末端逐个移除单体;不同脱氧核糖核酸酶(DNase)、核糖核酸酶(RNase)和溶酶体核酸酶各有特定的底物、末端与pH要求。核酸周转产生可回收的单体;DNA修复中的局部切除则由损伤识别与修复系统完成。

核苷酸的磷酸基团使其难以自由跨膜,也妨碍核糖苷键直接接受下一步反应。5′-核苷酸酶把核苷一磷酸水解为核苷和正磷酸;底物可按嘌呤、嘧啶及区室由多种同工酶分担。核苷随后有三类主要去向:由核苷激酶消耗三磷酸腺苷(ATP)重新磷酸化,由核苷磷酸化酶用无机磷酸进行磷酸解,或由某些生物的核苷水解酶直接水解糖苷键。磷酸化酶生成戊糖-1-磷酸,激酶则把ATP等供体的磷酰基转给核苷,反应物和产物均不相同。2

在人类嘌呤代谢中,嘌呤核苷磷酸化酶(PNP)可逆催化肌苷或鸟苷及其脱氧形式的磷酸解:

\[ \begin{aligned} \text{肌苷}+\mathrm{P_i} &\rightleftharpoons \text{次黄嘌呤}+\text{核糖-1-磷酸}\\ \text{鸟苷}+\mathrm{P_i} &\rightleftharpoons \text{鸟嘌呤}+\text{核糖-1-磷酸} \end{aligned} \]

磷酸戊糖变位酶可把核糖-1-磷酸转为核糖-5-磷酸,使碳骨架接入磷酸戊糖途径。脱氧核糖-1-磷酸同样先变位为脱氧核糖-5-磷酸,后者再由2-脱氧核糖-5-磷酸醛缩酶(DERA)裂解为甘油醛-3-磷酸和乙醛。3

嘌呤分解代谢

嘌呤分解支路的汇合

腺嘌呤核苷酸有两条常见入口。腺苷一磷酸(AMP)可先被AMP脱氨酶转为次黄嘌呤核苷酸(IMP),再去磷酸形成肌苷;也可先去磷酸形成腺苷,再由腺苷脱氨酶(ADA)生成肌苷。两条入口在肌苷汇合,再经PNP形成次黄嘌呤;人类主线由此在核苷酸或核苷层级完成脱氨。

鸟苷一磷酸(GMP)则先去磷酸为鸟苷,经PNP形成鸟嘌呤;鸟嘌呤脱氨酶(GDA)把鸟嘌呤水解脱氨为黄嘌呤。两支在含氧条件下由同一黄嘌呤氧化还原酶(XOR,XDH基因产物)继续处理:次黄嘌呤先羟化为黄嘌呤,黄嘌呤再羟化为尿酸盐。路线汇合在碱基层级,但上游可以在核苷酸、核苷和碱基之间由回收反应来回分流。4

黄嘌呤氧化还原酶的电子传递

XOR每个亚基含一个钼-钼蝶呤(Mo-MPT)中心、黄素腺嘌呤二核苷酸(FAD)和两组\([2\mathrm{Fe}-2\mathrm{S}]\)簇。底物在钼中心被羟化,电子经铁硫簇传向FAD;脱氢酶型黄嘌呤脱氢酶(XDH)主要把氧化型烟酰胺腺嘌呤二核苷酸(NAD\(^+\))还原为NADH,氧化酶型黄嘌呤氧化酶(XO)则把电子交给O\(_2\),可形成过氧化氢(H\(_2\)O\(_2\))和超氧阴离子。蛋白水解或巯基氧化可改变两种形式的比例;完整机制因此同时包括三类辅因子、辅因子间电子传递和XDH/XO的形式转换。5

\[ \begin{aligned} &\text{次黄嘌呤}+\mathrm{NAD^+}+\mathrm{H_2O}\\ &\qquad\rightarrow \text{黄嘌呤}+\mathrm{NADH}+\mathrm{H^+}\\[4pt] &\text{黄嘌呤}+\mathrm{NAD^+}+\mathrm{H_2O}\\ &\qquad\rightarrow \text{尿酸盐}+\mathrm{NADH}+\mathrm{H^+} \end{aligned} \]

上式以XDH方向展示电子账本;XO完成相同两次羟化时以O\(_2\)为末端电子受体。尿酸氧化酶(uricase/UOX)不依赖金属辅因子,先把尿酸氧化为5-羟基异尿酸(HIU)并产生H\(_2\)O\(_2\),随后由HIU水解酶和2-氧代-4-羟基-4-羧基-5-脲基咪唑啉(OHCU)脱羧酶依次形成尿囊素。6

嘌呤分解终点的物种差异

人和其他人猿的 UOX 已失活,尿酸因而成为嘌呤环的主要终末产物。许多其他哺乳动物保留 UOX,可把尿酸转成更易溶的尿囊素;具有尿囊素酶、尿囊酸酶及下游酶的生物还能继续形成尿囊酸、尿素、乙醛酸,乃至 NH\(_4^+\) 和 CO\(_2\)。这些酶在不同脊椎动物、无脊椎动物、植物、真菌和细菌中的丢失并不同步,终点也受组织和排氮生态影响。

嘌呤分解终点应逐个物种依据 UOX 及下游基因、酶活性和实际排泄物判断。传统的单线等级表无法表示这些酶的独立丢失;头足类等动物以鸟嘌呤参与体表反光或储氮,也只说明特定组织用途。7

尿酸盐稳态

在生理 pH 下,尿酸主要以尿酸盐存在。血浆尿酸盐由内源核酸周转、ATP 分解和食物嘌呤共同贡献;清除则依赖肾小球滤过、近端小管的重吸收与分泌,以及肠道排泄。肾近端小管顶端的 URAT1(SLC22A12)和基底外侧的 GLUT9(SLC2A9)参与重吸收,ABCG2 参与肾与肠上皮向腔面的外排。血尿酸升高可由生成增多或肾、肠清除减少形成。8

当体液过饱和并形成单钠尿酸盐晶体时,晶体可触发先天免疫炎症并导致痛风。无症状高尿酸血症只描述血液浓度异常,痛风还涉及晶体沉积及临床炎症;性别、年龄、绝经状态、肾功能、遗传变异和药物会共同改变风险。雌激素相关状态可增加尿酸清除并降低群体风险。具体诊断和药物选择须结合现行指南与个体风险。

别嘌呤醇是次黄嘌呤的结构类似物,也是XOR的机制型底物。XOR把它氧化为氧嘌呤醇;产物在还原态钼中心重新取向并形成紧密复合物,复合物随后可随酶再氧化而缓慢解离。上游次黄嘌呤增加后可被次黄嘌呤-鸟嘌呤磷酸核糖基转移酶(HGPRT)回收并消耗PRPP,IMP/GMP的反馈又能间接降低从头合成通量。药物的直接靶点是XOR,对PRPP与从头合成的影响来自回收和终产物反馈。9

嘌呤分解缺陷与脱氧核苷酸池

ADA同时作用于腺苷和脱氧腺苷。严重ADA缺乏时,脱氧腺苷被细胞激酶磷酸化,导致脱氧三磷酸腺苷(dATP)等脱氧腺苷酸累积;高dATP抑制核糖核苷酸还原酶,破坏DNA前体平衡并损伤快速增殖的淋巴细胞。腺苷信号、甲基化代谢和线粒体等效应也参与表型,严重联合免疫缺陷(SCID)由此是多层代谢失衡的结果。10

PNP缺乏则使脱氧鸟苷等底物积累,继而增加脱氧三磷酸鸟苷(dGTP),并尤其损伤T细胞发育与存活。ADA与PNP缺乏共同说明,核苷磷酸解同时承担底物清除、信号分子周转和脱氧核苷酸池平衡;某一入口受阻会使这些层面一并改变。遗传诊断、酶替代、造血干细胞移植和基因治疗的适应证与风险须依据免疫缺陷病及临床免疫学规范。11

嘧啶分解代谢

胞嘧啶衍生物的分解入口

胞嘧啶衍生物可在核苷酸或核苷层级进入分解。人细胞可由脱氧胞苷一磷酸(dCMP)脱氨酶形成脱氧尿苷一磷酸(dUMP),也可先去磷酸,再由胞苷脱氨酶把胞苷或脱氧胞苷转为尿苷或脱氧尿苷;核苷磷酸化酶随后释放尿嘧啶。具体入口随酶与组织而变。12

尿嘧啶与胸腺嘧啶的三步分解

尿嘧啶和胸腺嘧啶进入一套平行的三步还原分解。第一步由二氢嘧啶脱氢酶(DPD,由DPYD编码)使用NADPH还原C5—C6双键;第二步由二氢嘧啶酶(DHP,由DPYS编码)水解并打开环;第三步由\(\beta\)-脲基丙酸酶(\(\beta\)-UP,由UPB1编码)释放CO\(_2\)和NH\(_4^+\)13

\[ \begin{aligned} \text{尿嘧啶} &\xrightarrow[\mathrm{NADPH}]{\mathrm{DPD}} \text{二氢尿嘧啶}\\ &\xrightarrow[\mathrm{H_2O}]{\mathrm{DHP}} \beta\text{-脲基丙酸}\\ &\xrightarrow[\mathrm{H_2O}]{\beta\text{-UP}} \beta\text{-丙氨酸}+\mathrm{CO_2}+\mathrm{NH_4^+}\\[6pt] \text{胸腺嘧啶} &\xrightarrow[\mathrm{NADPH}]{\mathrm{DPD}} \text{二氢胸腺嘧啶}\\ &\xrightarrow[\mathrm{H_2O}]{\mathrm{DHP}} \beta\text{-脲基异丁酸}\\ &\xrightarrow[\mathrm{H_2O}]{\beta\text{-UP}} (R)\text{-}\beta\text{-氨基异丁酸}+\mathrm{CO_2}+\mathrm{NH_4^+} \end{aligned} \]

Rhea 为可逆氧化还原反应登记的标准方程可写成“二氢嘧啶 + NADP\(^+\) → 嘧啶 + NADPH”,但 DPYD 在人体分解通量中的生理方向是上述还原方向,反应消耗 NADPH 并完成氢化物转移。两种 \(\beta\)-氨基酸可排出,也可进一步进入碳代谢;“终产物”的表述须同时说明组织和物种。

嘧啶分解缺陷与氟尿嘧啶清除

DPD也是5-氟尿嘧啶(5-FU)分解的首个和主要限速酶,DHP与\(\beta\)-UP继续处理其含氟中间物。DPYD功能降低可显著减少5-FU清除并增加严重毒性风险;DPYSUPB1缺陷则分别积累二氢嘧啶或N-氨甲酰-\(\beta\)-氨基酸,先天表型从无症状到神经系统异常均可出现。生化通路能够解释底物积累与药物清除能力改变;具体变异判读、给药调整和临床处置必须依据药物基因组学与专科指南。14

分解与回收的核苷酸池平衡

回收与继续分解竞争核酸周转释放的同一底物池。HGPRT和腺嘌呤磷酸核糖基转移酶(APRT)可把嘌呤碱基与5-磷酸核糖-1-焦磷酸(PRPP)重新连接为核苷酸,腺苷、尿苷、胞苷和胸苷也可由相应激酶重新磷酸化;这些回收反应通常比从头搭建完整嘌呤环或嘧啶环节省能量。当碱基供应超过回收能力、细胞需要调整核苷酸组成,或某些组织缺少相应回收酶时,分解通量继续向尿酸或开环产物推进。15

核苷磷酸化酶的化学反应可逆,细胞中的净方向由磷酸、碱基和戊糖-1-磷酸浓度共同决定;它在代谢图中应表示为连接分解与回收的双向节点。核苷酸生物合成从PRPP、从头合成和回收途径一侧追踪同一个物质池。

参考资料与延伸阅读


  1. 分解、回收与合成共享核苷酸池,参见 Reactome Nucleotide catabolismNucleotide salvage;核苷酸的化学层级见本站核酸与核苷酸。 

  2. 人体嘌呤和嘧啶 5′-核苷酸酶反应见 Reactome NT5C1A 催化嘌呤核苷酸水解NT5C3A 催化嘧啶核苷酸水解;PNP 的可逆磷酸解见 UniProt PNP/P00491。 

  3. PNP 生成核糖-1-磷酸和脱氧核糖-1-磷酸的反应见 Rhea RHEA:27646RHEA:27750;真正接受醛缩裂解的是脱氧核糖-5-磷酸,见 UniProt DERA/Q9Y315。 

  4. 人体两条嘌呤支路的汇合见 Reactome Purine catabolism;腺苷/脱氧腺苷脱氨和鸟嘌呤脱氨分别见 UniProt ADA/P00813GDA/Q9Y2T3。 

  5. XOR 的 Mo-钼蝶呤、FAD和两组 \([2\mathrm{Fe}-2\mathrm{S}]\) 辅因子及两次羟化反应见 UniProt XDH/P47989,XDH 型反应的配平式见 Rhea RHEA:24670RHEA:16669。 

  6. 尿酸氧化后还需 HIU 水解酶与 OHCU 脱羧酶才能形成尿囊素,参见 Ichida et al. Purine catabolic enzymes in hominoids, birds, and reptiles及 Kratzer et al. Evolutionary history and metabolic insights of ancient mammalian uricases。 

  7. UOX 与下游基因并非按传统“动物等级”同步丢失,参见 Ichida et al. 比较基因组分析;人猿尿酸酶活性丧失的时间与功能演变见 Kratzer et al. 祖先尿酸酶重建。 

  8. 肾与肠上皮的 URAT1、GLUT9、ABCG2 及尿酸生成—排泄平衡,参见 Urate Transport in Health and DiseaseUrate Transporters in the Kidney。 

  9. 别嘌呤醇被 XOR 氧化、还原钼中心与氧嘌呤醇形成紧密但可解离复合物,参见 Nishino et al. Allopurinol and oxypurinol differ in their strength and mechanisms of inhibition;其对回收和从头合成的间接影响见 Reactome Purine salvage。 

  10. ADA 缺乏时脱氧腺苷酸、dATP 与淋巴细胞毒性的联系,参见 Flinn & Gennery Adenosine deaminase deficiency: a review;ADA 的两种核苷底物反应见 Rhea RHEA:24408RHEA:28190。 

  11. PNP 的底物范围及 dGTP 相关 T 细胞毒性,参见 The Molecular Pathology of Primary Immunodeficiencies与 Reactome Nucleotide salvage defects。 

  12. 人胞苷脱氨酶作用于胞苷和脱氧胞苷,见 UniProt CDA/P32320;嘧啶核苷酸去磷酸入口见 Reactome R-HSA-109449。 

  13. 人体尿嘧啶与胸腺嘧啶的三步并行分解见 Reactome Pyrimidine catabolism;末步配平反应见 Rhea RHEA:11184RHEA:37339。 

  14. DPD、DHP 与 \(\beta\)-UP 分别由 DPYDDPYSUPB1 编码,且同一通路参与 5-FU 分解,参见 In Vitro Assessment of Fluoropyrimidine-Metabolizing Enzymes及 UniProt DPYD/Q12882DPYS/Q14117UPB1/Q9UBR1。 

  15. 人体嘌呤与嘧啶回收反应分别见 Reactome Purine salvagePyrimidine salvage。 

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