种群抽样、标记重捕与空间格局¶
种群调查面对的对象往往不能一次数清:动物会躲藏和移动,植物或固着动物的个体边界可能模糊,叶片上的小型植食者也会集中在少数寄主部位。于是,观测到的数量同时取决于种群本身和观察过程。可靠的估计要先说明目标总体、空间边界、调查时段与样本单位,再选择样方、标记重捕或重复计数等方法,并把未被观察到的个体和抽样误差纳入推断。
四组经典训练分别处理两次捕获—标记—重捕、多次标记重捕、叶片虫口频数和植物样方频数。原始数据完整保留,公式、符号和结论则按相应统计定义复核。随机化、实验单位、缺失与异常记录的一般原则见实验设计、记录与数据质量,种群生态学中的样方、距离取样和现代捕获模型见种群生态学。
目标总体与抽样框¶
目标总体由对象、地点和时间共同限定。例如“校园桃树上的蚜虫”仍缺少树木范围、叶位、发育阶段和调查日期;“样地中的某种草本”还要定义克隆分株、基株或丛是否作为一个个体。抽样框是实际能够被抽到的单位清单或空间范围。只有目标总体与抽样框相符,样本的不确定度才有明确含义。
样方调查先确定样方形状、面积、边界规则和布点方式。简单随机布点适合相对均一且可完整编号的区域;系统布点能均匀覆盖空间,却要避免步长与环境周期重合;分层随机抽样可保证不同坡位、植被带或管理区都有代表。样方大小决定所见格局:小样方可能把同一斑块拆成许多零值和少数高值,大样方则会把局部聚集平均掉。因而“随机、均匀或聚集”始终是相对于观察尺度和样本框而言的属性。
计数前还要规定边界个体怎样处理。常用规则是计入落在上、左边界的个体而排除下、右边界,或以个体基部、根颈、叶柄着生点等预先指定的位置判断。不同人员需用同一规则,并保留样方坐标、面积、调查时长、观察者、天气和可见度。若检测概率可能随植被遮挡、个体大小或观察者显著变化,应使用重复调查、距离取样或占域/丰度模型,而不能把“没有看到”直接当作真实零值。
两次捕获—标记—重捕¶
比例关系与估计量¶
第一次捕获并成功释放 \(M\) 个带标记个体;充分混合后第二次捕获 \(n\) 个,其中有 \(m\) 个已经带标记。在封闭、充分混合且各个体捕获机会相近的理想条件下,第二次样本中的标记比例 \(m/n\) 近似总体中的标记比例 \(M/N\),由此得到林肯–彼得森(Lincoln–Petersen,LP)估计量:
这个比例关系是超几何抽样模型的直观形式。\(m\) 很小时,倒数造成明显的向上偏倚;若 \(m=0\),点估计甚至不存在。两次调查的小样本通常采用 Chapman 修正:
例题中第一次捕获并标记 \(M=80\) 只,第二次捕获 \(n=60\) 只,其中 \(m=20\) 只有标记。\(M\) 与 \(n\) 的乘积虽不受次序影响,两者的记录含义不能互换。按上述数据计算:
插入式标准误(standard error,SE)为:
再用 \(\hat N\pm2\mathrm{SE}\) 得到约 \([164,316]\)。这保留为经典手算结果,但总体大小为离散量且抽样分布常不对称,正态对称区间在重捕数较少时覆盖率不稳。Chapman 点估计为 \(234.3\);对超几何分布反演得到的双侧 95% 区间约为 \([181,353]\),更能显示上界方向较长的不确定性。不同区间算法可能给出略有差异的整数端点,报告时应注明算法,而不能只写“95% 置信区间”。1
模型假设与现场后果¶
两次标记重捕的关键假设不仅是“标记无毒无害”。每项假设都对应可检查的现场记录:
| 假设 | 可能的违背 | 设计与诊断 |
|---|---|---|
| 调查期间种群近似封闭 | 出生、死亡、迁入或迁出改变 \(N\) | 缩短闭合期;记录物候、迁移与干扰;必要时改用开放种群模型 |
| 标记不丢失且可正确辨认 | 褪色、脱落或误读使 \(m\) 偏低,常把 \(N\) 推高 | 预试标记持久性;双重标记或照片复核;记录无法判定的标记 |
| 标记不改变存活、行为和被捕概率 | 陷阱趋避、标记显眼、处理应激造成组间差异 | 选择适合物种和体型的方法;缩短处理;记录损伤与恢复;遵守许可和福利方案 |
| 标记个体在第二次取样前充分混合 | 释放点附近局部富集使 \(m\) 偏高 | 给出合理混合时间;分散释放或扩大取样覆盖;保存捕获位置 |
| 个体捕获机会在模型允许的范围内相近 | 性别、年龄、领地、陷阱位置和天气造成异质性 | 标准化努力;记录个体与时段协变量;采用允许时间、行为或个体异质性的模型 |
“标记个体均匀分布”不要求动物在整个栖息地形成几何上的均匀格局,而要求第二次样本能以模型规定的机会抽到标记与未标记个体。将陷阱只放在释放点附近,即使动物本来随机分布,也会破坏这一条件。闭合性同样是研究时段内的近似,不是物种永久不出生、不死亡或不迁移。经典闭合模型的系统框架正是围绕时间变化、行为反应和个体异质性等捕获概率来源建立的。2
多次标记重捕与 Schumacher–Eschmeyer 估计¶
捕获历程表¶
多次调查能积累更多重捕信息,并检查捕获概率是否随时间变化。第 \(i\) 次调查中,\(n_i\) 是捕获总数,\(m_i\) 是其中已标记数,\(u_i=n_i-m_i\) 是本次新标记并释放数,\(M_i\) 是本次捕获开始前种群中可供重捕的标记总数。若有死亡、永久移除或标记丢失,不能直接用上一行的累计数代替 \(M_i\)。
14 次调查及全部派生列如下。最后一次之后不再需要为本估计量计算新标记数,故 \(u_{15}\) 留空。
| 日期 | \(n_i\) | \(m_i\) | \(u_i\) | \(M_i\) | \(n_iM_i\) | \(M_im_i\) | \(n_iM_i^2\) | \(m_i^2/n_i\) |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 2 | 10 | 0 | 10 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| 3 | 27 | 0 | 27 | 10 | 270 | 0 | 2,700 | 0 |
| 4 | 17 | 0 | 17 | 37 | 629 | 0 | 23,273 | 0 |
| 5 | 7 | 0 | 7 | 54 | 378 | 0 | 20,412 | 0 |
| 6 | 1 | 0 | 1 | 61 | 61 | 0 | 3,721 | 0 |
| 7 | 5 | 0 | 5 | 62 | 310 | 0 | 19,220 | 0 |
| 8 | 6 | 2 | 4 | 67 | 402 | 134 | 26,934 | 0.6667 |
| 9 | 15 | 1 | 14 | 71 | 1,065 | 71 | 75,615 | 0.0667 |
| 10 | 9 | 5 | 4 | 85 | 765 | 425 | 65,025 | 2.7778 |
| 11 | 18 | 5 | 13 | 89 | 1,602 | 445 | 142,578 | 1.3889 |
| 12 | 16 | 4 | 10 | 102 | 1,632 | 408 | 166,464 | 1.0000 |
| 13 | 5 | 2 | 3 | 112 | 560 | 224 | 62,720 | 0.8000 |
| 14 | 7 | 2 | 4 | 115 | 805 | 230 | 92,575 | 0.5714 |
| 15 | 19 | 3 | — | 119 | 2,261 | 357 | 269,059 | 0.4737 |
| 合计 | 162 | 24 | 119 | 984 | 10,740 | 2,294 | 970,296 | 7.7451 |
估计量、标准误与区间¶
Schumacher–Eschmeyer 闭合种群估计量可理解为将每次样本中的标记比例 \(m_i/n_i\) 对捕前标记数 \(M_i\) 作加权、过原点回归,斜率估计 \(\theta=1/N\):
代入表中合计,得到:
令 \(a=14\) 为调查次数,过原点回归的残差方差估计为:
这里的 \(s^2\) 是回归残差方差估计,并不是“\(1/N\) 的方差”本身。斜率标准误为:
标准误应为 \(0.00042901\);\(3.935\times10^{-5}\) 与公式和随后区间所用数值均不一致。以 \(t_{0.975,13}=2.160\) 计算:
由于 \(N=1/\theta\),反演时端点次序颠倒,得到 \(N\) 的约 95% 区间 \([304,696]\)。该区间来自经典回归近似;重捕稀少、捕获概率异质或样本量小的时候,应使用与具体捕获模型匹配的似然、剖面似然或自助法区间。近期模拟比较也显示,简单闭合种群估计量的偏倚与精度强烈依赖样本量和重捕信息,增加次数不能自动修复假设违背。1
多次标记记录还可用于描述移动距离,但只有保存个体标识、每次时间、坐标与搜索努力后,捕获点间距离才可计算;它仍是实际移动路径的下界。若研究期间存在出生、死亡、迁入和迁出,Jolly–Seber 类开放模型可估计表观存活、补充和捕获概率。若关注个体状态或地点转换,则需多状态模型。选择多次调查的理由是研究问题和预期重捕信息,而不是把“单次捕捉少”当作唯一规则。
样方频数与方差—均值比¶
叶片虫口数据¶
调查包含 156 片叶,每片叶上的虫口数 \(x\) 与叶片数 \(f\) 如下。频数表须先展开其加权和,才能计算按叶片定义的均值与样本方差。
| \(x\)/虫口·叶\(^{-1}\) | \(f\)/片 | \(fx\) | \(fx^2\) |
|---|---|---|---|
| 0 | 102 | 0 | 0 |
| 1 | 29 | 29 | 29 |
| 2 | 16 | 32 | 64 |
| 3 | 4 | 12 | 36 |
| 4 | 1 | 4 | 16 |
| 5 | 2 | 10 | 50 |
| 6 | 2 | 12 | 72 |
| 合计 | 156 | 99 | 267 |
以 \(q=156\) 表示叶片数,样本均值和无偏样本方差为:
方差—均值比,也称离散指数,定义为:
\(I-1=1.075660\) 是相对于泊松基线的超额离散量,不是与 \(I\) 可以任意替换的第二种定义。练习中的聚集度系数为:
若各叶片计数在同一个均值下相互独立并服从泊松分布,则离散度统计量
近似服从自由度 \(q-1=155\) 的卡方分布;这里 \(p\approx9.8\times10^{-14}\),可拒绝均一、独立泊松模型。这个结果说明数据相对于该零模型过度离散,却尚未区分生物聚集、寄主叶片质量差异、叶位梯度、漏检或空间相关等原因。美国国家标准与技术研究院(National Institute of Standards and Technology,NIST)对泊松离散度检验给出的统计量正是 \((q-1)s^2/\bar x\)。3
桃胶与蚜虫生活史问题¶
桃胶是桃树等核果类木本从树干、枝条或果实组织渗出的胶状物,主要成分为复杂多糖;机械损伤、冻害和病原侵染等都可能诱发流胶。把它简单记作“树皮的分泌物”会漏掉组织损伤和流胶病理过程,也不能说明其化学性质。4
成虫和若虫不必具有相同的空间格局,但“若虫一律聚集、有翅成虫一律随机、无翅成虫一律聚集”也不是通则。蚜虫孤雌生殖可在着陆点附近迅速建立家系斑块,无翅成虫和若虫能够在叶片内或植株间步行扩散;有翅型扩大了飞行传播距离,其着陆仍会受寄主气味、植株质量、风和边缘效应影响。翅型产生又受密度、营养、天敌和季节影响。5 因此,应分别记录物种、龄期、翅型、叶位和日期,在相同样本框和尺度下检验各组频数,而不是从发育阶段直接指定分布型。
Neyman A 型聚簇模型¶
复合泊松过程¶
Neyman A 型分布把计数想象成两层过程:每个样方中的潜在“聚簇中心”数服从均值为 \(\lambda_1\) 的泊松分布,每个聚簇中心贡献的个体数再独立服从均值为 \(\lambda_2\) 的泊松分布。于是:
用矩估计代入叶片数据:
部分教材把它们分别记作 \(m_2\) 和 \(m_1\);使用这一符号时须明确对应关系,不能把 \(I\) 本身当作每簇个体数。\(I>1\) 只提示相对泊松模型过度离散,不足以唯一识别 Neyman A 过程,因为负二项分布、环境异质性和零膨胀也能产生相同现象。
概率递推与拟合检验¶
令
本例得到 \(F_0\) 至 \(F_5\) 依次为 0.366878、0.394636、0.212247、0.076102、0.020465 和 0.004403;\(F_5=0.0644\) 不符合上述递推关系。零计数概率与后续概率递推为:
把 \(156P_x\) 与观察频数比较,并将期望数小于 5 的尾部合并:
| 虫口数 | 观察数 | Neyman A 期望数 |
|---|---|---|
| 0 | 102 | 105.753 |
| 1 | 29 | 22.890 |
| 2 | 16 | 14.788 |
| 3 | 4 | 7.258 |
| \(\ge4\) | 5 | 5.311 |
| 合计 | 156 | 156.000 |
Pearson 统计量为 \(\chi^2=3.344\)。合并后有 5 类,扣除总数约束和从同一数据估计的 2 个参数,自由度为 \(5-1-2=2\),得到 \(p\approx0.188\)。在这个分组与近似下没有足够证据拒绝 Neyman A 模型,但这不等于“证明原数据符合奈曼分布”。样本主要集中于零值,尾部信息有限;参数又由同一数据拟合,使用参数自助法检验,或以似然和预测检验比较 Neyman A、负二项及含环境协变量的模型,会更可靠。Neyman 最初提出这一复合计数分布,正是为了描述昆虫样方中由聚簇过程产生的超泊松变异。6
植物样方数据重算¶
另一组练习包含 200 个样方,植物个体数从 0 到 10。完整频数与乘积如下:
| \(x\)/个体·样方\(^{-1}\) | \(f\)/样方 | \(fx\) | \(fx^2\) |
|---|---|---|---|
| 0 | 134 | 0 | 0 |
| 1 | 34 | 34 | 34 |
| 2 | 12 | 24 | 48 |
| 3 | 8 | 24 | 72 |
| 4 | 8 | 32 | 128 |
| 5 | 0 | 0 | 0 |
| 6 | 1 | 6 | 36 |
| 7 | 1 | 7 | 49 |
| 8 | 1 | 8 | 64 |
| 9 | 0 | 0 | 0 |
| 10 | 1 | 10 | 100 |
| 合计 | 200 | 145 | 531 |
由此得到:
也可计算 \(\sqrt{2/(q-1)}=0.1003\),再以 \((I-1)/0.1003=19.46\) 与临界值比较。这是泊松零模型下对离散指数的渐近正态标准化,不是 Student 的 \(t\) 检验,也不使用 \(t\) 分布自由度。直接使用泊松离散度统计量:
在近似 \(\chi^2_{199}\) 下,\(p\approx5.5\times10^{-40}\),同样强烈拒绝均一、独立泊松模型。结论应写成“在本样方面积、布点和调查时段下观察到显著的过度离散”,而不是脱离尺度断言该植物具有永恒的聚集分布。克隆生长、有限种子散布和微生境斑块可能造成真实聚集;样方面积不等、环境梯度未分层、个体边界不一致和相邻样方相关也会抬高 \(I\)。
格局描述与机制模型¶
离散指数压缩了计数分布,只适合用作初步描述。后续模型应匹配数据生成过程和研究问题:
| 数据与问题 | 可用方法 | 需要保留的信息 |
|---|---|---|
| 独立样方计数,方差随均值增大 | 泊松或负二项广义线性模型 | 样方面积、层次、环境协变量与取样努力 |
| 零值多于常规模型预期 | hurdle 或零膨胀模型,并与检测过程比较 | 结构零与未检出零的生物学定义、重复调查 |
| 个体坐标与邻域尺度 | 点格局、成对相关或 Ripley 类函数 | 坐标、边界、观察窗和空间分辨率 |
| 同一地点重复计数 | 广义线性混合模型或时空模型 | 地点、日期、观察者和重复测量结构 |
| 个体捕获历程 | 封闭、开放、多状态或空间显式捕获—重捕模型 | 个体标识符(identifier,ID)、每次捕获/未捕获、位置、努力与协变量 |
负二项模型以一个额外离散参数容纳个体间异质性,Neyman A 则对“聚簇中心—簇内个体”提出具体生成解释;两者都不应仅凭 \(I>1\) 自动选定。若有土壤水分、叶位或光照等空间协变量,先把它们纳入均值结构,再检查残余空间相关,才可区分环境斑块与个体相互作用。相关统计接口见概率分布和广义线性与混合模型。
记录与报告¶
样方记录至少包括目标物种或形态种、个体定义、样方坐标与面积、边界规则、布点方式、日期、观察者、取样努力和原始计数。标记重捕还应逐个体记录标记类型、首次与各次捕获时间、地点、捕获装置、处理结局和标记状态,并保留每次未捕获所形成的捕获历程。只保存合计数会阻断捕获概率异质性、移动和开放种群模型的后续分析。
报告结果时同时给出样本量、点估计、区间算法、模型假设和诊断。零重捕、全零样方、异常高计数和无法辨认的标记都是数据,不得为得到有限估计或“符合某分布”而删除。若经典手算方法与现代模型给出不同结论,应并列说明估计对象、假设和不确定度来源,使计算训练与真实生态推断保持连贯。
参考资料与延伸阅读¶
- Krebs, C. J. Ecological Methodology. 3rd ed. University of British Columbia, 2014.
- Williams, B. K., Nichols, J. D. & Conroy, M. J. Analysis and Management of Animal Populations. Academic Press, 2002.
- Fortin, M.-J. & Dale, M. R. T. Spatial Analysis: A Guide for Ecologists. 2nd ed. Cambridge University Press, 2014.
- Hilbe, J. M. Negative Binomial Regression. 2nd ed. Cambridge University Press, 2011.
-
Dettloff K. Assessment of bias and precision among simple closed population mark-recapture estimators. Fisheries Research. 2023;268:106756. NOAA repository; doi:10.1016/j.fishres.2023.106756. ↩↩
-
Otis DL, Burnham KP, White GC, Anderson DR. Statistical inference from capture data on closed animal populations. Wildlife Monographs. 1978;(62):3–135. U.S. Geological Survey record. ↩
-
National Institute of Standards and Technology. Poisson dispersion test; index of dispersion. ↩
-
Simas-Tosin FF, Barraza RR, Petkowicz CLO, et al. Rheological and structural characteristics of peach tree gum exudate. Food Hydrocolloids. 2010;24:486–493. doi:10.1016/j.foodhyd.2009.12.010; University of Kentucky Plant Pathology. Gummosis of Fruit Trees. ↩
-
Braendle C, Davis GK, Brisson JA, Stern DL. Wing dimorphism in aphids. Heredity. 2006;97:192–199. doi:10.1038/sj.hdy.6800863; Ben-Ari M, Gish M, Inbar M. Walking aphids can partake in within-field dispersal to distant plants. Basic and Applied Ecology. 2015;16:162–171. doi:10.1016/j.baae.2014.12.004. ↩
-
Neyman J. On a new class of “contagious” distributions, applicable in entomology and bacteriology. Annals of Mathematical Statistics. 1939;10:35–57. doi:10.1214/aoms/1177732245. ↩
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